水族箱裏誕生了4條小魚其中包括哈羅德的女兒伊莎貝爾伊莎貝爾的身上長著不好看的斑點還缺失了一些鱗片她的長相遭到魚群的其他成員嘲笑魚群首領瑟斯頓要求哈羅德必須把伊莎貝爾藏起來否則被人來發現將會把他們丟進大海裏貪玩的伊莎貝爾還是被人類發現了她和哈羅德一起被丟進浩瀚無邊的大海裏海上突如其來的巨大風浪使得水族箱裏的魚都掉進大海,一時之間伊莎貝爾和哈羅德失散了伊莎貝爾偶遇了艾普爾並結識了一群長相奇特的魚它們皆因外在缺陷被同族排擠在艾普爾的帶領下伊莎貝爾和其它魚準備穿越火山抵達珊瑚礁尋找哈羅德另一邊哈羅德在海黃瓜卡爾的陪同下找尋女兒未果傷心欲絕隨魚群離去成功穿越火山的伊莎貝爾在珊瑚礁與哈羅德相遇而珊瑚礁女王的出現更令父女驚喜原來女王竟是伊莎貝爾的媽媽一家人歡聚在一起